Lapidarium mieści się w ogródku za muzeum. Znalazły się w nim kostki brukowe wykonane z nagrobków pochodzących ze zniszczonego cmentarza żydowskiego, które do 2009 roku umieszczone były w drodze dojazdowej do jednej z posesji w Nakle. Największym eksponatem jest drugowojenny kamień z granicy między powiatami wyrzyskim a szubińskim.